お客様: ライフサイエンス分野のメーカー様
ご依頼内容
- 蛍光顕微鏡画像の解析を、汎用の画像解析ソフトによる手作業から、必要な機能だけを載せた専用ソフトへ、置き換えたい。
- 蛍光の増加量と、その領域の面積を、サンプルごとに数値で出したい。
- 複数のサンプルをまとめて処理し、結果を一覧の表として受け取りたい。
- ソフトウェアを社内で開発する体制が無いため、開発そのものを任せたい。
- GUIが付いた、そのまま使えるソフトとして、MATLABの入っていないPCでも実行したい。
課題
- 汎用ソフトで行っていた複数の手作業を、実際の解析手順に沿った、一続きの操作へまとめること。
- 手動でのROI設定と、自動の輪郭抽出を選べるようにし、微小なノイズを除外すること。
- 検出の細かさを現場で調整できるよう、最小検出サイズなどを、パラメータとして操作画面に出すこと。
- 複数のサンプルを一括処理し、画像枚数の不一致のような例外データを、安全に扱うこと。
ソリューション
- 画像の格子分割とトリミング、ROI設定、フォルダの一括解析という、3ステップで完結するGUIを構築した。
- 基準フレームと対象フレームの差分から、蛍光の増加量を算出した。
- 二値化、微小領域の除去、連結成分の解析で輪郭を抽出し、最大の領域だけを使うモードも用意した。
- ポリゴンによる手動ROI、自動マスク、内側・外側のマージン、基準フレームの選択を、パラメータとして設定できるようにした。
- 面積等の計算結果をCSVへ出力した。
- 対応する画像の枚数が合わないデータを検出し、警告の表示と、該当データのスキップを実装した。
- 前回終了時の設定を、次回起動時の初期値として復元する仕組みを組み込んだ。
- App Designerで作成したGUIを実行形式へコンパイルし、MATLABの無い環境でも動く形にした。
結果
- 手作業中心だった解析を、3ステップの専用GUIと、複数サンプルの一括処理へ置き換えた。
- 解析条件と面積の数値がCSVに揃うため、サンプル間の比較を、そのまま表計算ソフトで行える状態になった。
- MATLABを持たない現場のPCへ配布でき、担当者が自分で解析を実行できるようになった。
ひとこと
- 画像から領域を切り出して数える処理は、二値化、ノイズ除去、連結成分の解析といった、様々な技術的要素で作成可能です。計測したい量と、判定したい大きさが決まっていれば、専用の解析として組み上げられます。
- MATLABのGUIを付けたアプリケーションは、プログラムに不慣れな方でも、画像を選んでパラメータを決めるだけで、結果を得ることができます。実行形式にすれば、MATLABが入っていないPCへも配布できます。
- 「汎用のソフトでもできるが、操作が煩雑で、手作業でやっているので、時間がかかる。これを短縮したい。」というご相談は、よくいただきます。弊社は、実際の解析手順を伺ったうえで、必要な操作だけを並べた専用のソフトとして、設計から配布できる形での納品まで、一括してお引き受けします。
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